Como tantos otros pueblos, la ciudad de San José nació por iniciativa de la compañía de tierras del Ferrocarril Central Argentino, conformado en 1869, cumpliendo el anhelo de poblamiento del extenso territorio nacional.

Una estación en el centro de cada una de las colonias favorecía el mejor aprovechamiento del ferrocarril como medio de comunicación y transporte.

Tomás de la Torre, tomando como referente el tendido ferroviario Rosario-Córdoba, funda la localidad con un trazado casi simétrico en relación con el mismo. Recién en el año 1875, consigue que el tren se detenga en San José por medio de un sistema de señales con banderas que indicaba el ascenso de los pasajeros. A raíz de esto la estación toma su primer nombre, "Bandera", posteriormente se llamó "Ávila" y finalmente, el que tuvo hasta nuestros días, "Funes".

El edificio fue construido en mayo de 1875 y el primer jefe de estación fue el Sr. Juan Murray, quien desempeñó el cargo hasta el año 1914.

El pueblo creció alrededor de la estación: el almacén de ramos generales, el bar, la estafeta postal, la escuela, la sociedad de fomento. Con el correr de los años, la población fue desarrollándose sin alejarse de la idea originaria de su fundador: un auténtico "pueblo de recreo", tal como lo publicara el diario La Capital en un artículo del 6 de febrero de 1875.

El día 28 de junio de 2013, por Ordenanza Municipal se declara al Museo y Estación Ferroviaria Monumento y Sitio de Interés Histórico Cultural Municipal.